Cristóbal de Molina, apodado "el chileno" por haber acompañado a Almagro en su expedición tenía ideas similares a las del padre Bartolomé de las Casas y no distingue entre quechuas y aymaras. Horrorizado por los abusos de los conquistadores, no deja de denunciarlas en su obra "Relación de muchas cosas acaecidas en el Perú" (1552) y las Casas utiliza buena parte de su información en su obra "Historia Apologética".
En la misma época hubo otro cronista también llamado Cristóbal de Molina, "el cuzqueño", quien comprendía muy bien el pensamiento religioso de los quechuas, hablaba perfectamente bien el idioma y hasta pudo haber sido mestizo. Como párroco de indios pobres en el Cuzco, juntó a lo largo de 20 años una valiosa información que transmitió en “Relación de las Fábulas y Ritos de los Incas” (1573), además de asesorar al obispo del Cuzco, al virrey Toledo y a otros personajes. En 1570 actuó como "extirpador de idolatrías". Aunque sus apreciaciones acerca de los aymaras están teñidas por su apego a los quechuas, es uno de los principales cronistas de la época y tal vez el más entendido en costumbres indígenas.